Основана с глубокой древности сибирскими тюрками, которые называли его Кыштау, что означает «зимняя стоянка», «зимовье», «зимник».
Официально по архивным материалам дата основания Зимника 1859 год – 9 дворов, 41 житель, однако в архивах г.Томска есть и другая дата образования - 1520 год. Потомки основателей поселения, сибирские татары проживают в селе.
Памятник односельчанам (автодорога Юрга-Зимник) открыт в 1957 году. Идея установить памятник односельчанам и родной деревне принадлежит бывшему жителю той деревни. В 1957 году началась работа над памятником. Нашлись специалисты, вырыли яму, засыпали щебнем, отлили из цемента памятник похожий на часовенку. А Георгий Нестерович Галанов, работник машзавода сделал из нержавейки таблички и укрепил их на стенках памятника. Памятник воинам-землякам, погибшим в годы ВОВ, «Они отдали жизнь за Родину!» располагается на ул. Школьная. Из села на фронт ушло 170 человек, из них погибли и не вернулись 81 человек – их фамилии нанесены на мемориальную доску.
В 1994 г. археологической экспедицией Кемеровского государственного университета был исследован курганный могильник, находящийся на территории деревни Зимник. Археологи раскопали несколько могил, датированные ими X веком н.э. По основным признакам погребения и предметам: керамическим сосудам, железной пряжке, данное захоронение имеет отношение к угро-самодийскому населению лесостепной полосы Западной Сибири.
Далее происходит тюркизация населения, т.е. поглощение местного угро-самодийского населения тюркскими народами. Тюрки стали проникать сюда ещё с 6 века со стороны Алтая.
Во второй половине 17 в. после переселения калмаков ближе к Томску от кочевого скотоводства они стали переходить к полукочевому. В 18 в. увеличилось значение заготовки и продажи сена, занятия извозом (перевозили грузы для томских купцов). Перевозки осуществляли по всей Сибири, даже в Забайкалье.
В начале 19 в. калмаков перевели в категорию оседлых инородцев. Подати с них увеличились. Переселявшиеся из европейской части России татары оказали существенное влияние на хозяйственный уклад калмаков. Жители Зимника стали больше заниматься земледелием. Выращивали в основном зерновые культуры, огородничеством практически не занимались. Овощи покупали в соседних русских деревнях. Занятие ремеслом было незначительным. Для нужд семьи женщины пряли, ткали полотно. Более широко было распространено вязание, шитье одежды, валяние валенок, войлока, вышивание. В музее можно увидеть самотканые полотенца, старинную одежду, украшенную традиционной татарской вышивкой, элементы пимокатного станка.
Излишки зерна, сено возили на продажу в Томск.
С 1893 г. в Списках населенных мест упоминается мечеть. Она находилась в центре села, на берегу Кожановки. При мечети была школа, где дети изучали арабский язык для чтения мусульманских молитв. В 1930-х годах в период коллективизации и раскулачивания, мечеть была разрушена. Имам мечети вместе с семьей был выселен и расстрелян.
Улицы Зимника местные жители называли мишар як (мишарская сторона), белебей як, калмак як, в соответствии с названиями этнических групп татар, селившихся на разных концах поселения.
В 1995 г. доктор филологических наук Казанского института языка, литературы и искусства Баязитова Ф.С. изучала диалекты зимниковских татар и сделала вывод о большом влиянии языка татар-мишарей.
Таким образом, население Зимника состояло изначально из калмаков, увеличиваясь затем за счет татар, переселявшихся в Сибирь из европейской части России, Поволжья. А во второй половине 20 века и за счет русского населения.